Фонды Енисейского музея-заповедника представляют собой народное достояние, богатейшее собрание музейных предметов – памятников материальной и духовной культуры по истории Енисейска и Енисейского района с древнейших времён и до наших дней.
Естественно-научная коллекция («ЕНК») начала формироваться уже в 1883 году. Этот период связан с деятельностью основателей учреждения: А.И. Кытманова, Н.В. Скорнякова и М.О. Маркса. Ее основу составила коллекция насекомых Енисейского округа, собранная Скорняковым Н.В., затем пополнилась коллекцией гербариев, которые готовил А.И. Кытманов во время своих северных экспедиций. Сюда же входила коллекция минералов и горных пород, начало которой положил директор Минусинского музея Н.М. Мартьянов. В 1909 году музей пополнился коллекцией грибов.
На сегодняшний день коллекция состоит из 5787 единиц хранения.
Особый интерес составляют гербарии, так как они были подписаны самим основателем музея А.И. Кытмановым на латыни. Им уже около 150 лет.
Сейчас хранители и научные сотрудники изучают коллекцию, а также пополняют новыми экземплярами, собранными в экспедициях по городу и району.
