Музейное дело в России прошло те же этапы развития, что и в Европе, и также начиналось с частного собирательства и коллекционирования. По мнению К. Г. Левыкина: «Появление музеев связано с эпохой Петра I. Царствование Петра (1682–1725 гг.) было временем непрерывных реформ, осуществляемых во всех сферах государственной и общественной жизни». Понимание роли музея как необходимого элемента европейской культуры формируется у Петра во время его заграничных поездок, начиная с Великого посольства 1698 г. В Европе Петр встречался с учеными, посещал научные учреждения, библиотеки, анатомические кабинеты, кунсткамеры, картинные галереи и мюнцкабинеты. Вернувшись, Пётр увлёкся коллекционированием «вещей диковинных». Коллекция росла за счёт выписанных из — за границы экспонатов. Лишь позднее ее пополнили отечественные артефакты.
1 октября 1883 г. после торжественного молебна, проведенного о. Евтихеевым, Енисейский Общественный Местный музей был открыт. В последующем, когда музей был создан, обозначилась и перспектива расширения библиотечного проекта. Дело в том, что это был не первый библиотечный опыт Никиты Виссарионовича. Первая библиотека, созданная на базе собственной коллекции, была организована им еще в 1864 г. Даже после опустошительного пожара 1869 г. библиотека Н.В. Скорнякова продолжала работать. В 1873 г. ее посетило 86 читателей, которым было выдано 925 книг и 1075 экз. газет. В 1874 г. в библиотеку записалось уже 104 читателя. За год они прочитали 1259 книг и 20105 экземпляров газет. В марте 1884 г. Н.В. Скорняков вместе с А.И. Кытмановым подают заявку в Думу о необходимости открытия библиотеки при музее, для основания которой уже имелся фонд книг, подаренных А.Т. Востротиным, В.И. Базилевским и А.И. Кытмановым. Очень помог будущей библиотеке А.А. Кобычев, передавший книги по золотопромышленности, печатные отчеты съездов золотопромышленников и «Известия» ИРГО. Заявление было рассмотрено, и уже 1 октября 1884 г. общественная библиотека при музее была открыта.
Первые коллекции музея располагались отчасти в метеорологической станции М.О. Маркса, затем для него было выделено здание в Гостином дворе по Береговой улице, коллекции были перевезены в дом по одной из центральных улиц города — ул. Большой (ныне ул. Ленина). В 1906 г. музей переехал в здание Городского магистрата. В насыщении коллекций предметами отметились такие известные люди города, как: А.А. Кобычев, М.М. Бородкин, В.М. Харченко, И. Д. Черемных, семейство Востротиных и прочие. Всего, по данным отчета 1908 г. в судьбе музея приняло участие несколько десятков лиц и около десятка научных учреждений страны.
После Октябрьской революции начался новый этап музейного строительства. Советское правительство и Коммунистическая партия уделили большое внимание сохранению музейных ценностей, исторических и архитектурных памятников 25 октября 1917 г. Начало возрождения музея можно отнести к 1920 г. Именно в этот год возобновляется ведение музейных инвентарей. На этапе 1920-х гг. происходило восстановление ценностей, особенно много времени пришлось уделить восстановлению наименований и характеристик предметов с учётом утраты некоторых инвентарных книг и номеров этикетажа. Для массового обзора музей начал открываться лишь с конца декабря месяца 1922 г. Начало сороковых годов для Енисейского музея совпало с временной консервацией. Музеи страны, испытывая на себе большой идеологический нажим, продолжали играть роль очагов науки и просвещения. Этот факт подтверждает и момент, связанный с енисейским музеем. Ведь даже будучи на временной консервации, его сотрудники продолжали работу. В 1950 г. активность музея в культурной жизни Енисейска растёт. По данным за этот год музей посетило 10 000 чел. Было проведено 40 экскурсий, которыми было охвачено 990 чел. Период середины — конца 1960-х гг. стал поворотным в развитии советского музееведения. Коллекции музея так же представляются возросшими. Общая численность уже составляет 35456 экспонатов. И, наконец, данные 1981 г.: 39348 предметов основного и вспомогательного фондов. Как известно, после 1985 г. начался демонтаж административной командной системы управления культурой, и в частности музейным делом. Экспозиционная деятельность Енисейского музея в этот отрезок времени была сосредоточена на выставочных площадях основного здания, а так же в филиале, который по — прежнему располагался в настоятельском корпусе Спассо — Преображенского мужского монастыря.
Начало 1990-х гг. открывает новый этап в музейном деле в России. Перемены в политической и экономической сферах, распад СССР, отстранение от власти КПСС коренным образом изменили обстоятельства жизни музеев. Дисполитизация, расширение рамок исследований в краеведенье задало тон и в научной работе учреждения. Девяностые стали эпохой зарождения нового формата практических конференций, поиска альтернативных площадок для них. Приобретение музеем нового для себя здания, безусловно, улучшило атмосферу музейных мероприятий, увеличило полезную площадь для экспозиционной деятельности. Учреждение переехало в бывший купеческий особняк И.П. Захарова, где, начиная с 1987 г. постепенно разместило фонды, а затем и экспозиции.
В 2016 г. после ремонта основного здания, фонды Енисейского музея вернулись в стены купеческого особняка. Приближение 400-летия Енисейска поставил новый вопрос в стратегии дальнейшего развития музея. И здесь, безусловно, должен пригодиться весь наработанный учреждением опыт по взаимодействию с другими заведениями культуры города, что напрямую в будущем должно повлиять на развитие местной системы туризма. В исторической практике музея это не является новацией – скорее продолжение традиции, складывающейся десятилетиями, но то, что круг таких полезных контактов за последние годы значительно расширился – не может не радовать. Еще с конца 1990-х гг. выставки и экспанатура музея стали замечательным пособием для студентов Енисейского педагогического колледжа и учащихся ЛПИ — филиала Сибирского Федерального Университета. Не менее успешным оказался опыт работы с профессором Новосибирского гуманитарного университета Е.И. Дергачевой-Скоп, являющейся специалистом в области древнерусской литературы и археографии. Студенты университета провели серию практик, изучая экспонаты раздела «Редкая книга», более значимой стала реставрация нескольких наиболее раритетных образцов. Важной вехой для музея явилось сотрудничество с ООО Красгеоархеологией, ведущей научные изыскания на территории города с 2013 г. Наиболее весомым результатом этого сотрудничества явилось пополнение фондов Енисейского музея новым предметным материалом, охватывающим события XVII- нач. ХХ вв.
В ноябре 2019 года музей стал краевым учреждением культуры. Это важное событие позволит способствовать дальнейшему развитию музея, укреплению материально-технической базы, внедрению современных технологий, расширению и повышению качества оказываемых населению услуг.
«Музей, как в фокусе зеркала отражает местную жизнь и потому имеет большое образовательное значение для населения и всякого желающего ознакомиться с этим краем».
Эти слова принадлежат Александру Игнатьевичу Кытманову – основателю Енисейского краеведческого музея, Потомственному Почетному гражданину города Енисейска, видному сибирскому ученому – краеведу, почвоведу и ботанику.
Выпускник Санкт-Петербургского университета, кандидат естественных наук, ученый и краевед, Александр Игнатьевич Кытманов на протяжении 26 лет был бессменным руководителем музея.
В 1882 году он приезжает в родной город, где занимается развитием и пропагандой науки, культуры, образования.
Огромный интерес ученых, путешественников к нашему богатому и малоисследованному краю способствовал образованию музея. Кытманов развернул обширную деятельность по изучению истории Енисейского уезда, его флоры и фауны, этнографии и археологии и т.д. В Сибири были изданы многочисленные труды А.И. Кытманова по народной медицине, промыслам, по истории Енисейского округа. Многие из них хранятся в фондах музея.
В течение многих лет Александр Игнатьевич работал над основным научным трудом своей жизни – «Краткой летописью Енисейского уезда и Туруханского края Енисейской губернии 1584-1893 г.г.», которая является ценным документальным источником в изучении истории г. Енисейска. В процессе работы над ней он изучил около 200 письменных и устных источников. В результате большого научного поиска енисейский исследователь обнаружил 130 видов растений, не известных науке. В 1898 году он был приглашен на Х съезд русских естествоиспытателей и врачей, проходивший в Киеве.
Единомышленником и помощником А.И.Кытманова в организации музея в Енисейске стал М.О.Маркс, ученый – метеоролог, отбывавший ссылку в нашем городе. Создавался музей на средства общественности. В списках денежных пожертвований в пользу образования музея было имя А.И.Кытманова и его многочисленных родственников. Александр Игнатьевич принимал активное участие в платных концертах, спектаклях, сборы с которых шли в пользу образования музея. В 1883 году Енисейский общественный музей был открыт для посетителей. На день открытия музей имел 3.064 предмета, в их числе были и личные естественно — исторические коллекции А.И.Кытманова.
На протяжении 20 лет, являясь заведующим Енисейским музеем, Александр Игнатьевич проводил огромную работу по сбору экспонатов, уникальных этнографических предметов, многие из которых и по сей день экспонируются в музее. А.И.Кытманов вел обширную переписку с музеями центральных городов, ботаническими садами, университетами, видными учеными России.
Имя енисейского краеведа было известно и за рубежом. Он сотрудничал с научными обществами Парижа, Лейпцига, Дрездена и др. городов Западной Европы.
Участие в делах музея крупных русских и зарубежных ученых вывело музей на уровень широко известного в научной среде учреждения. Он стал базой для научного познания края, уникальным хранилищем бесценных для науки сокровищ – естественно – исторических, этнографических, археологических коллекций, памятников истории и культуры края.
В фондах Енисейского краеведческого музея хранятся прижизненные печатные труды А.И.Кытманова.