В хранящейся в научной библиотеке музея брошюре «Енисейский общественный музей. Отчет о деятельности музея с 1 октября 1883 года по 1 октября 1908 года и краткий перечень коллекций музея» (БЕКМ №2596), имеется упоминание о 98 первых документах. Они значатся в IV отделе литературы. Туда входили: картины, фотографии, чертежи, рукописи, архивные документы; книги, журналы, газетные статьи, ученые и учебные пособия. Если первые документы сегодня числятся, в основном, в документальном фонде, то последние – в научной библиотеке.
Как видим, не все перечисленные документы можно отнести собственно к архиву. Автором юбилейного Отчета – А.И. Кытмановым – было сказано, что рукописные материалы по мере их накопления должны были быть выделены в особый отдел – «Архив музея». Это случилось лишь в 2021 году, когда было принято решение о создании архива Енисейского краеведческого музея (сегодня – Енисейского музея-заповедника), носящего с 2011 года имя своего первого распорядителя А.И. Кытманова.
На сегодняшний день архив музея представляет собой массив документов по основной деятельности: учредительные документы, приказы, акты приема-выдачи музейных предметов и протоколы ЭФЗК, туризм, отчеты о деятельности музея, бухгалтерские документы, проектная деятельность. Хронологически документы архива охватывают весь период со дня основания музея до сегодняшнего дня.
Важным источником для изучения архивных документов является не только отчетные документы, но и две инвентарные книги коллекций музея за 1883 – 1934 годы, сохранившиеся в фондах Енисейского музея.
Большой пласт архивных документов сегодня составляет личная переписка А.И. Кытманова с учебными и иными заведениями, РГО и Академией наук, частными лицами. Сохранилась и переписка музея с момента его основания.
Первое по времени написания письмо относится к 29 марта 1883 года и знакомит нас с формированием комитета по устройству музея в Енисейске.
По большей части переписка состоит из дарственных на предметы, включая книги для библиотеки.
Документы также содержат сведения о хозяйственной деятельности музея: выполненных работах по обустройству музея и библиотеки, выставленных счетах (переплетным мастерским, доставщикам кладей, печникам, малярам и столярам) и полученных накладных, просьбах о высылке отчета или экземпляра книг (например, Петр Бахрушин просил брошюру Кытманова в свою коллекцию).
После смерти А.И. Кытманова в декабре 1910 года, в документах появляется переписка о назначении руководства музеем.
Интересны документы о присвоении имени Кытманова с 16 ноября 1911 года. Тогда музей стал носить имя «Городской музей имени Александра Игнатьевича Кытманова». В декабре 1926 года наименование музея было вновь изменено: он стал называться «Государственный Енисейский Естественно-Исторический и Историко-Культурный Музей».
За 1926 – 1928 годы в переписке содержатся только исходящие письма.
В январе 1926 года Архивное бюро запрашивало некие документы, которые, как ответил Н. А. Кытманов, были изъяты еще в 1921 году и до тех пор не возвращены. О каких документах шла речь – не известно до сих пор.
Сохранились две описи Енисейского государственного архива по Енисейскому краеведческому музею за 1883-1916 гг. (Ф.6) и за 1917-1935 гг. (Ф.Р-250). Они были переданы в Енисейский музей к 100-летию (14 октября 1983 года) со дня его образования.
Сохранились немногочисленные документы 1933-1936 годов.
Пятидесятые годы – это время собирания информации о памятниках истории и архитектуры в Енисейске. В шестидесятые эта тема также была актуальной. Продолжалась переписка о выделении ставки научного сотрудника. Велась работа по перестройке отделов советского периода, собирался материал, в том числе в ходе экспедиции по железной дороге Ачинск — Абалаково (1962 год).
Восьмидесятые ознаменованы празднованием 100-летия музея и переводом в новое здание, уступленное Исполкомом Горсовета.
В это время и плоть до 2014 года научными сотрудниками музея велась активная переписка с целью поиска новой информации по истории города. Среди сотрудников выделяется переписка Потужновой Г.П. (по истории советского периода) и Игнатьевой Т.В. (декабристы, золотопромышленность, ссылка).
На 01.01.2024 года в архиве на хранении находятся документы постоянного и временного срока хранения, которые тематически разобраны и внесены в описи. Особый интерес для исследования представляют документы, внесенные в опись постоянного срока хранения №1 — 600 ед.хр.
Опись дел по личному составу — 323 ед.хр (в том числе дела сотрудников выставочного зала г.Енисейска с 2015-2019г.г). Первое дело, заведенное по личному составу относится к 1929 году.
В настоящее время архив является ведомственным и пополняется документами структурных подразделений Енисейского музея-заповедника.